机电技术系开设机电一体化技术（五年制高职）、智能控制技术（智能控制技术、轨道交通方向五年制高职）、机电技术应用（3+3）等多个专业，拥有首批国示范校重点建设专业、江苏省中等职业教育优质专业，省级示范专业、省职业教育高水平示范性实训基地、市职业教育现代学徒制试点专业建设研究基地、南通市产教融合示范专业、南通市职业院校校企双元育人示范项目、江苏联合职业技术学院首批高水平专业群、江苏联合职业技术学院五年制高职现代学徒制示范专业点。近几年，师生参加技能大赛获得国赛金牌2枚、银牌1枚，省赛金牌25枚、银牌41枚；参加创新创业大赛获得省赛2金4银。该系坚持校企双元育人，与中天科技、恒科、赫尔思曼、施特万等中外知名企业组建现代学徒制班，校企融合共同培养高素质应用型技术技能人才。