机械工程系开设五年制高职数控技术（数控技术、轨道交通方向）、新能源汽车技术、数字化设计与制造技术、“3+3”汽车运用与维修四个专业，拥有首批国示范校重点建设专业、省级示范专业、省级品牌专业、江苏联院五年制高职现代学徒制示范专业点、南通市职业教育贯通培养示范专业、南通市职业院校“双元育人”示范项目、智能制造技术实训基地、现代汽车技术实训基地，实训基地拥有数控车床、数控铣床、数控加工中心、多轴数控机床、数控线切割、汽车维修仿真实训、汽车故障诊断与排除、新能源汽车实训、汽车装潢与美容等现代化实训设备。近年来，该系深化校企合作，与中天科技、施特万、宜家精密部件、金通灵、瑞典斯堪尼亚制造公司等知名企业开展“学徒制”培养，实现校企无缝对接，共同培养高素质技术技能人才。