机械工程系开设五年制高职数控技术（含数控技术、轨道交通方向）、新能源汽车技术、数字化设计与制造技术、智能网联汽车技术四个专业。拥有首批国示范校重点建设专业、省级示范专业、省级品牌专业、江苏联院五年制高职现代学徒制示范专业点、南通市职业教育贯通培养示范专业、南通市职业院校“双元育人”示范项目等荣誉。建有智能制造与现代汽车两大综合性实训基地，集教学、实训、生产、科研于一体，配备三坐标测量与3D打印两个先进实训室，拥有数控车床、数控铣床、加工中心、车铣复合机床、五轴加工中心、数控线切割、数字孪生仿真平台、三坐标测量仪、手持式测量仪、3D打印机、汽车维修仿真实训、汽车故障诊断与排除、新能源汽车实训、汽车装潢与美容等现代化实训设备，智能网联实训室正在建设中。近年来，该系深化校企合作，与中天科技、施特万、宜家精密部件、瑞典斯堪尼亚制造公司等知名企业开展“学徒制”培养，实现校企无缝对接，共同培养高素质技术技能人才。